第一階段工程撥款已在2018年10月26日的立法會財務委員會會議獲得通過，工程並於2019年2月28日展開。第一階段工程的合約編號及名稱為DC/2018/05「搬遷沙田污水處理廠往岩洞–工地開拓及連接隧道工程」，承建商為中國建築聯營。工程的內容大致上包括：

• 地盤平整；

• 建造緩減天然山坡山泥傾瀉風險的措施；

• 拆卸現有馬鞍山路一段隔音屏障及建造臨時隔音屏障；

• 建造一道臨時行車天橋；

• 建造一段連接亞公角山路及通風井的道路工程；

• 為一段行人路及單車徑臨時改道；及

• 挖掘一段連接隧道。